Pierwszy kościół w Mileszkach powstał prawdopodobnie w 1048 roku, na miejscu pogańskiej gontyny.
W 1200 roku stworzono mapę Księstwa Mazowieckiego, na której zaznaczono miejscowość Mileszki z kościołem parafialnym.
W latach 1415-1418 został zbudowany pierwszy kościół drewniany. Kościół zbudował Maciej z Mileszek za pozwoleniem arcybiskupa gnieźnieńskiego Fryderyka Kardynała Jagiellończyka. Kościół spłonął w 1543 roku.
W tym samym roku, powstał obecny budynek kościelny. Zbudowany z bali modrzewiowych, pokryty gontem. Uległ on częściowemu spaleniu w 1765 roku. W 1766 roku kościół odremontowano, postawiono także dzwonnicę. Świątynia przetrwała nienaruszona do I wojny światowej. Wtedy to została uszkodzona wieża i część świątyni. Kościół odbudowano, dodając jednocześnie kruchtę nad którą wzniesiono wieżę.
W latach 1997-2000 kościół poddano gruntownemu remontowi. Wymieniono zniszczone elementy budynku, zamontowano instalacje przeciwpożarową i antywłamaniową, odrestaurowano żyrandole i inne elementy wystroju. Od początku 2007 roku kościół jest iluminowany i wieczorami można go podziwiać w pełnej krasie.
Wyposażenie kościoła :
Trzy ołtarze późnorenesansowe z początku XVII wieku. Ołtarz główny z bramkami, w ...